چالش عمده ایی که بیولوژیست ها در رابطه با رشد ونمو گیاه با آن مواجه اند به درک مکانیسم های بر می گردد که رشد و نمو کلی سیستم های پیچیده را کنترل می کنند. مطالعۀ حاضر بر مکانسم هایی متمرکز است که تفکیک، رشد و معماری سیستم های ریشه را شکل میدهند. نقش نشانۀ رشۀاصلی  یعنی سیتوکینن (CK) به همراه نقش نشانۀ شاخه یعنی اکسین( ایندول-3- استیک اسید، IAA) و واکنش آنها تجزیه و تحلیل خواهد شد (Coenen و Lomax 1997، Bangerth و دیگران 2000؛ Nordstro¨m و دیگران 2004؛ Woodward و Bartel 2005). ستوکینن ها مولکول های نشانه دهی هورمونی هستند که نقش اساسی در تنظیم سیتوکینن ها، رشد و نمو در گیاهان ایفا می کنند. در یک گیاه دست نخورده، سلول های زندۀ ریشه و شاخه هر دو قادرند CKها و همچنین هورمون های نشانه دهی اکسین را تولید کنند(Miyawaki و دیگران 2004، Nordstro¨m و دیگران، 2004؛ Aloniو دیگران 2005؛ Tanaka و دیگران 2005). بااینحال،  با وجود اینکه  CK و IAA هر دو در ریشه و شاخه تولید می شوند (Nordstro¨m و دیگران 2004، Ljungو دیگران 2005) اما تولید این نشانه های هورمونی عمده به صورت تصادفی رخ نمی دهد. بلکه توسط مکان سلولهای سنتز کننده در بدنۀ گیاه و مرحلۀ نموی آنها تنظیم میشود و تحت تأثیر شرایط محیطی می باشد. اندام های جوان شاخه ، جایگا های اصلی تولید IAA هستند (Aloni و دیگران 2003،2006)، در حالی که نوک های ریشه جایگاه اصلی سنتز CKهستند ( Aloniودیگران 2004،2006).

نشانه ها از جایگاه های تولید هورمون از طریق مسیرهای ساختاری خاص و توسط مکانیسم های مختلف حرکت می کنند تا تفکیک و نمو گیاه را تنظیم کنند (Aloni 2004، Aloni و دیگران 2005). عدم بیان ایزوپنتنیل ترانس فراز (IPT ) در مریستم های رأسی شاخه(Miyawaki و دیگران 2004) با نبود CK آزاد در مریستم های رأسی شاخۀ جوانه های 3 روزۀ آرابیدوپسیس تالیانا (Aloni و دیگران 2004) همخوانی سازگاری داشت و نبود آن در جوانه های جانبی گیاهان مسن تر که تحت شرایط تقریبا بدون تعرق رشد یافته بودند (Aloni و دیگران 2005) نشان می دهد که جوانه های رأسی شاخه ، ظاهرا جایگاه اصلی سنتز CK نیستند (شکل 1).